Dikişle birleştirilmiş küçük bir bez bebek, gözlerini açtığında etrafında yıkıntıdan başka bir şey görmez. İnsanlığın büyük bölümünü yok eden makineler çoktan susmuştur, ama bu sessizlik güven vermiyordur. Kısa süre önce uyanan diğer bebekleri bulmak için dışarı çıkar. Elijah Wood'un canlandırdığı 9, ilk anda yalnız kalmış gibi görünse de, hayatta kalanların birbirine tutunmaktan başka şansı olmadığını anlar. Her biri farklı bir özellik taşıyan bu küçük topluluk, harabeler arasında dolaşırken eski bir tehdidin tamamen bitmediğini fark eder. Metal parçaların arasından yükselen yeni bir iz, onları güvenli sandıkları sığınağın dışına çeker.
Yol boyunca kırık makineler, tuzaklar ve karanlık koridorlar onları tek tek sınar. Grup büyüdükçe içlerindeki korku da büyür, çünkü bir yandan kaçmaları gerekirken bir yandan da neden yaratıldıklarını anlamaya çalışırlar. 9, aralarındaki gerilimi dağıtmaya çalışsa da karşılarına çıkan her işaret, çok daha güçlü bir düşmanın hala av peşinde olduğunu gösterir. Sonunda eski dünyanın kalbinde, kendilerini yok edebilecek son hamleyle yüz yüze kalırlar ve kimin fedakarlık yapacağına karar vermek zorunda kalırlar.